A jelenlegi fürdő előtt itt már a XIII. században II. András egy gyógyító kórházat és fürdőt hozott létre, amit a török uralom alatt a törökök is szívesen látogattak. A XVII. században „Sáros fürdő” volt a neve a medencék fenekén leülepedett, a 47 Celsius-fokos forrásvízzel feltörő finom forrásiszap miatt. Majd 1912 és 1918 között épült meg a jelenlegi Gellért Hotel és Gyógyfürdő szecessziós stílusban. A Dunának a parti rendezése során több olyan hévizes forrást találtak, melyek a vizet a Duna medrébe adták. A Ferenc József és az Erzsébet híd közötti partszakasz környezetében elkülönítették egymástól a hévizes forrásokat, és a termálfürdők ellátására, gyógy- és ivóvízként hasznosították őket, de az értékes hévíz jelentős része ellenőrizetlenül és sok esetben felderítetlenül a Duna vizét gyarapította. Az 1960-as évek közepén a Fővárosi Fürdő Igazgatóság ezeknek a szökevényforrásoknak a hasznosítását az idegenforgalom és a gyógyturizmus kiépítésére igyekezett fordítani, ami hosszú távon is megbízható alapot szolgáltat a termál-, gyógy- és ásványvíz szolgáltatáshoz, felhasználáshoz. A hévizes rendszernek az átfogó kutatása érdekében a Vízgazdálkodási Tudományos Kutató Intézet a Szent Iván barlangban (Szent Gellért v. Szikla-kápolna) 1962-ben karsztvíz megfigyelő állomást létesített, és a következő években a szökevényforrásokat fúrásos kútépítésekkel kísérelték meg megelőzni. A Gellért-hegy már az ókorban a triász kori tektonikus törésvonal mentén feltört, melegvizes oldódással keletkezett üregekkel és járatokkal volt tele. A Nagy Gellért-hegy része a különféle összetétellel rendelkező és különféle betegségek gyógyítására alkalmas, feltörő hőforrások-gyógyvizek országa. Ennek következtében: egyre inkább a túrizmus céltáblájává vált, már az ókorban benépesítették a kelták barlanglakásai, megépültek a gyógyfürdők, és Budapest ivóvíz ellátását szolgáló Citadella a víztározójával. A Gellért tér alatt, a Rudas és a Rácz fürdő irányában megépült, kb. 1600 m-es fürdőalagút is a turisztikai és gyógyászati, valamint közlekedési célokat lett volna hivatott előteremteni: a Székesfőváros Közmunka Tanácsa már az 1920-as évek elején tervbe vette az alagút megépítését a rakpart forgalmának a teher-mentesítése céljából, a villamos vonalát kívánták elhelyezni benne. Ennek az alagútnak lett volna egy felfelé menő ága a Citadellába is, de sajnos az anyagi fedezet hiánya miatt ennek megvalósítása elmaradt. Már Krúdy Gyula ír egy titokzatos alagútról az Aranyidőben, amely szerinte a Gellérthegy tabáni oldalától húzódott a Sas-hegy oldalig, és amelyben állítólag Nagy Lajos király rejtette el aranypénzeit. Magasabb dunai vízállás idején a járat megtelt vízzel, és az odatévedt kincskeresők és szerelmesek a borosgazdák pincéibe menekültek föl a mélyből, mert ezek a régi a borospincék összeköttetésben álltak a középkori alagúttal. Az alagút megépítését a Gellért szálló pincéjéből kezdték meg 1968 és 1978 között az aknamélyítő vállalat kivitelezésében. Már kezdetben fokozott óvatossággal kellett eljárni, mert a munkák a Fürdő és a környezet forgalmát sem zavarhatták. Az alagút vonalvezetése követte a Duna partjának irányát, a talpszintje az átlagos dunai vízszint (+104 m tengerszint feletti) magasságában lett kialakítva. Az alagút nyomvonalmenti hossza 865 méter, az elágazásokkal, kisegítő és bekötő vágatokkal együtt kb. 1600 méter. Az alagút iránya a Gellért szállótól indulva kezdetben a Duna irányával párhuzamos, majd nyugati irányba törik egy íves szakasszal, és a Rác-fürdő mögötti támfalban a nyugati irányból történik a becsatlakozás. Az alagútépítéssel egyidőben elágazásokat készítettek. Az elágazások főként a szökevény-források befogása céljából kerültek megépítésre, de bekötő vágat épült a Rudas fürdőhöz is. A forrásfoglalások a feltárt törésvonalakkal beazonosított szakaszokon épültek, de nem mindenhol történt meg az aknakutas kialakítás. Néhány helyen csak megfigyelő kutak lettek kiképezve. A forrásbekötő csatlakozások általában az alagútszelvénnyel azonos méretben lettek kialakítva. Az alagút szelvényében különböző méretű csővezetékeket kellett elhelyezni az ipari- és a gyógyvíz továbbítására, így ma már ezek az alagútfolyosók a Gellért, a Rácz és a Rudas fürdő számára gyűjtik össze a meleg forrásvizeket. Az alagút talplemezébe kisvasúti (600 mm-es nyomtávú) vágányzatot építettek be. Az alagút jelenleg is le van zárva, az aknakutak közül néhányból termálvizet termelnek a Fürdők ellátására. A hosszú folyosó mentén 5 akna található: ezekben az aknákban sikerült elérni az addigi rejtett források dús hozamú járatait, akkoriban az 5 közül kettőnek a hozama is elegendőnek bizonyult a fürdők ellátására. A kutak közül ma kettő a Gellért fürdő teljes termál- és gyógyvízigényének biztosítását szolgálja, a másik kettő pedig a Rudas úszó- és termálmedencéit látja el 39–45 fokos vízzel, melyből együttesen akár 1000 litert is ontanak percenként. Az alagút talpát helyenként pangó és szivárgó víz borítja, ugyanis a vízelvezető rendszer a nagymértékű karbonát és más ásványi anyag kiválása miatt eltömődött, nem látja el a feladatát. Az alagút építése során elérték és feltárták az Aragonit barlangot, aminek a felfedezése 1964-ben történt, amikor a Szent Iván barlang (kápolna) szintjéről a VITUKI egy a szökevény forrásokat kutató furást mélyített le. A fúrószerszám 7 méter mélységben megszaladt, és látható lett a barlangüreg. A barlangot megnyitották, és feltárult a kristályképződményektől csillogó barlangi üreg. Eredetileg az üreg minden oldalát (a talpát is) jellegzetesen habos és karfiolszerű kristályképződmények borították. A barlangot megnyitó táró megépítése ellenére, annak látogatását a nagyközönség számára soha nem tették lehetővé. Eredetileg az volt a tervezett megoldás, hogy az Aragonit barlang és az Alagút a Citadellától egy függőleges aknán át legyen elérhető, az alagútban pedig a Rác, a Gellért és a Rudas fürdőkhöz kisvasúton utaztassák a vendégeket, miközben az észlelt geológiai különlegességek is megcsodálhatóak, de ez sajnos jelentős tőkebefektetést igényelne.